La encomienda supuso una institución propia de la colonización española en el Nuevo Mundo establecida como un derecho otorgado por el Rey a favor de un encomendero por el cual éste percibiría los tributos que deberían de pagar los indígenas en su calidad de súbditos de la corona española. A cambio, el encomendero debía velar por el cuidado de los indígenas, garantizando tanto su protección como su evangelización. Sin embargo, se produjeron abusos y el sistema de encomienda derivó en formas de auténtica esclavitud. La crítica de Las Casas a este sistema de colonización, frente al cual proponía la configuración de comunidades mixtas de indígenas y campesinos castellanos hacías una economía colonial más agrícola que minera, motivó que los monarcas pusieran limites a las acciones de los encomenderos por medio de su abolición en 1542 a través de las Leyes Nuevas. Por su parte, para el caso de la isla La Española, Las Casas proponía una colonización plenamente castellana debido a su débil contingente indígena y su supuesta incapacidad para el trabajo, y la importación de esclavos negros africanos, cuya explotación consideraba legítima, lo cual ha suscitado que gran variedad de especialistas e historiadores lo hayan considerado un claro componente contradictorio en su discurso en defensa de los derechos humanos. Aún así parece ser que Las Casas lamentó dichas consideraciones con los hombres de raza negra que importaron a modo de mercancía hacía el Nuevo Mundo, tal y como expresó en sus escritos: “Yo creía que los negros eran más resistentes que los indios, que yo veía morir por las calles, y pretendía evitar con un sufrimiento menor otro más grande”… Su proyecto había sido “un error y una culpa imperdonable, que era contra toda ley y toda fe, que era en verdad cosa merecedora de gran condenación el cazar a los negros en las costas de Guinea como si fueran animales salvajes, meterlos en los barcos, transportarlos a las Indias Occidentales y tratarlos allí como se hacía todos los días y a cada momento”
